Развитие регионов представляет собой многоаспектный процесс, находящийся под влиянием экономических, политических, социальных, исторических, экологических, технологических, демографических и прочих факторов. Причем, различные факторы нередко оказывают противоположное влияние на системное развитие региона. Наряду с разнонаправленностью факторов, вариативностью отличаются структура региональной экономики и, в целом, ее функционирование. Особенностью государственного регулирования в современных условиях является его субъектно-объектный характер и направленность на обеспечение системного развития, т.е. сбалансированного развития, обеспечивающего пропорциональность основных подсистем региональной экономики, формирующих ее структуру. В рамках данного исследования особый интерес вызывает поведенческий тип структуры региональной экономики, представленный группами субъектов, заинтересованных в ее развитии. Данное обстоятельство актуализирует научный поиск в направлении селекции средств и методов государственного регулирования, способствующих обеспечению структурного и, в целом, системного развития региональной экономики. Основным результатом проведенного исследования является следующее положение. В целях обеспечения развития аграрной сферы как подсистемы региональной социально-экономической системы, в процессе согласованного упорядоченного взаимодействия ее элементов, нацеленного на повышение уровня и качества жизни населения и обеспечения их соответствия требованиям актуальных технологических укладов, необходимо использовать комплекс инструментов государственного регулирования, сгруппированных по следующим признакам: экономические, налогово-бюджетные, правовые, институциональные, институционально-инфраструктурные, административные.